Организация создана на основании постановления Президента Республики Узбекистан № ПП-4699 от 28 апреля 2020 года «О мерах по широкому внедрению цифровой экономики и электронного правительства» и постановления Кабинета Министров № 409 от 25 июня 2020 года «О мерах по организации деятельности отдельных организаций в системе Министерства по развитию информационных технологий и коммуникаций Республики Узбекистан».

На основании постановления Кабинета Министров № 107 от 14 марта 2023 года «О мерах по организации деятельности центра обработки данных системы «Электронное правительство» в государственном учреждении «Центр управления проектами электронного правительства» без образования юридического лица запущен Центр обработки данных системы «Электронное правительство».

На основании Указа Президента Республики Узбекистан № УП-76 от 24 мая 2023 года «О мерах по эффективной организации государственного управления в сфере цифровых технологий в рамках административных реформ» наименование государственного учреждения «Центр управления проектами электронного правительства» изменено на государственное учреждение «Центр управления проектами цифрового правительства».