Центр первоначально был создан при Министерстве по развитию информационных технологий и коммуникаций Республики Узбекистан как государственное учреждение «Центр обеспечения информационной безопасности». В соответствии с Указом Президента Республики Узбекистан от 27 июня 2013 года № ПП-1989 и Постановлением Кабинета Министров Республики Узбекистан от 16 сентября 2013 года № 250 Центр начал свою деятельность как некоммерческая организация в форме государственного учреждения.

Впоследствии, в соответствии с Указом Президента Республики Узбекистан № ПП-3245, в целях реализации проекта «Безопасный город» с использованием современных технологий и создания единого аппаратно-программного комплекса «Центр обеспечения информационной безопасности» при Министерстве по развитию информационных технологий и коммуникаций Республики Узбекистан был реорганизован в «Центр содействия обеспечению информационной безопасности и общественного порядка».

Затем, в соответствии с Указом Президента Республики Узбекистан № ПП-4024, «Центр технического содействия» функционировал в форме государственного унитарного предприятия при Государственной инспекции по контролю в сфере информатизации и телекоммуникаций Республики Узбекистан.

В соответствии с Постановлением Президента Республики Узбекистан от 14 сентября 2019 года № ПП-4452 в 2019–2026 годах «Центр кибербезопасности» осуществлял свою деятельность в форме государственного унитарного предприятия.

В связи с преобразованием в государственное учреждение в соответствии с соответствующим решением Президента Республики Узбекистан в настоящее время государственное учреждение «Центр кибербезопасности» осуществляет свою деятельность в качестве государственного учреждения.